La evaluación de ese servicio educativo generó la necesidad de la creación de una escuela inserta en el hospital.
A tal fin, se firma un convenio entre las Secretarías de Salud y Educación de la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires, creándose así la Escuela Hospitalaria Nº 2 "Prof. Dr. Juan P. Garrahan" por Decreto Nº 163 del 10/01/89 (Boletín Municipal Nº 18463), inaugurándose oficialmente la misma el 20 de abril de 1989.
Siendo el objetivo del mencionado convenio la atención de las necesidades educativas de niños y adolescentes internados y/o ambulatorios de largo tratamiento, se postula que la escuela funcionará en jornada simple contando para ello con una planta orgánico-funcional de quince docentes y un auxiliar de portería.
La institución escolar por su objetivo de dar respuesta educativa a los pacientes del hospital, atendiendo a las demandas de todos los servicios, a partir de 1991 comenzó a funcionar como escuela de dos turnos: mañana y tarde por Decreto Nº 44 del 30/10/90.